SĘPOPOL uzyskał dekret lokacyjny: 1 stycznia 1351 roku od Wielkiego Mistrza Zakonu Najświętszej Maryi Panny (Krzyżacy) Henryka Dusemera. Dekret lokacyjny obejmował obszar 112 włók i przewidywał też dotacje dla kościoła parafialnego.

KOŚCIÓŁ parafialny w swojej najstarzej części (prezbiterium i zakrystia) został zbudowany w 1360 roku. Nawa główna zaś w 1380 roku. Po Hołdzie Pruskim w 1523 roku, kościół zostaje przejęty przez Protestantów. Przy końcu XV wieku, wnętrze kościoła został przebudowane. Ołtarz główny został wykonany około 1650 roku, przez Joachima Pfaffa. Malowidła olejne ołtarza wyszły spod pędzla Jerzego Krebsa w roku 1670. W ołtarzu znajdują się cztery obrazy olejne: Ostatnia Wieczerza, Ukrzyżowanie Chrystusa, Wniebowstąpienie i Zesłanie Ducha Świętego. Obecny drewniany szczyt wieży kościoła postał w 1872 roku. Świątynia powraca do Kościoła Rzymsko-katolickiego po II wojnie światowej, w 1945 roku.

Godne uwagi są:

  • Gotyckie sklepienie kościoła
  • Ambona z roku 1649 z obrazami m. in. Marcina Lutra
  • Organy z roku 1859 roku wybudowane przez firmę Buchholtza z Berlina; piszczałki i mechanizmy w szafie pochodzą z firmy Kanossa z Kӧnigsberga.
  • Baszta - Organistówka, jest to najstarsza budowla Sępopola wbudowana w mury miasta.

SALEZJANIE opiekują się kościołem i parafią od roku 1946. Po zakończeniu działań wojennych, z chwilą coraz większego napływu ludności przesiedlonej głównie ze wschodu do Sępopola, bardzo szybko pojawiła się potrzeba zorganizowania życia duchowego w mieście. Uroczyste poświęcenie kościoła odbyło się 21 kwietnia 1946 roku przez ks. Dziekana Rudnickiego z Bartoszyc. W tym dniu została też odprawiona pierwsza Mszą święta i zapalono Wieczną Lampkę przed Najświętszym Sakramentem po 423 latach. Na pierwszego Proboszcza kościoła pw. św. Michała Archanioła i parafii został mianowany w dniu 16 lipca 1946 roku ks. Witold Raducha - Salezjanin. Od tej chwili nieprzerwanie Salezjanie prowadzą swoją pracę duszpasterską w duchowości św. Jana Bosko.

Proboszczowie od 1946 roku:

+ ks. Witold Raducha SDB 1946-1961
+ ks. Władysław Bajon SDB 1961-1971
+ ks. Tadeusz Wrzosek SDB 1971-1975
+ ks. Stanisław Nurkowski SDB 1975-1981
+ ks. Marian Żuk SDB 1981-1987
+ ks. Hilary Rogowski SDB 1987-1990
+ ks. Janusz Tomasik SDB 1990-1997
ks. Józef Grochowski SDB 1997-2004
ks. Krzysztof Toczyski SDB 2004-2010
ks. Jan Kurel SDB 2010-2013
ks. Stanisław Orpik SDB 2013-2019
ks. Marek Dzięgielewski SDB 2019-do chwili obecnej